Here we compare different torsion fitting parameters for a series of fragments from the base series of ligands. Fragments with multiple rotatable bonds were fit at the same time to replicate a common bespoke fit use case.

Setup

All bespoke fits were run with fully expanded torsion k values and unique torsion smirks. The torsion k prior was 6.

For the Restraint case, after optimisation, the restraints were removed and a forcebalance torsionprofile single point was calculated, these values are reported in the table.

The RMSD is calculated at the QM minimum on the torsion drive.

RMSE = kcal/mol

RMSD = Angstrom

Molecule	Restaint RMSE	No Restraint RMSE	No Restraint + RMSD RMSE	Restraint RMSD	No Restraint RMSD	No Restraint + RMSD RMSD
	0.0969	0.0638	0.0539	0.024	0.024	0.024
	0.0818	0.0820	0.0834	0.008	0.008	0.008
	0.0639	0.0598	0.0629	0.078	0.078	0.078
	0.0850	0.0823	0.0844	0.019	0.019	0.019
	0.0997	0.0996	0.1002	0.012	0.012	0.012
	0.2052	0.1809	0.1102	0.163	0.165	0.163
	0.1635	0.1911	0.2206	0.372	0.366	0.410
	0.2181	0.1878	0.1622	0.147	0.144	0.134
	0.2365	0.2495	0.1858	0.128	0.129	0.125
	0.1770	0.1682	0.1719	0.167	0.165	0.166
	0.2028	0.1889	0.1766	0.163	0.159	0.153
	0.1262	0.1381	0.0949	0.138	0.138	0.138
	0.0611	0.0616	0.0612	0.028	0.028	0.028
	0.1655	0.1704	0.1328	0.209	0.205	0.160
	0.1352	0.1013	0.0810	0.346	0.347	0.316
	0.0860	0.0861	0.0859	0.018	0.018	0.018
	0.1820	0.1371	0.1257	0.195	0.192	0.188
	0.2939	0.2726	0.2636	0.163	0.155	0.158
	0.2842	0.1816	0.1338	0.138	0.137	0.135
	0.4331	0.3848	0.3835	0.315	0.300	0.264
	0.1042	0.0916	0.0642	0.142	0.142	0.142
	0.1537	0.1555	0.1310	0.171	0.181	0.171
	0.1294	0.1328	0.1211	0.194	0.188	0.187
	0.0842	0.0843	0.0868	0.013	0.013	0.013
	0.0757	0.0790	0.0490	0.166	0.166	0.166
	0.1718	0.1808	0.1027	0.195	0.195	0.183
	0.4739	0.4807	0.4561	0.139	0.138	0.138
	0.1725	0.1752	0.1096	0.185	0.186	0.180
	0.0797	0.0795	0.0793	0.020	0.020	0.020
	0.1820	0.1782	0.1711	0.170	0.168	0.159
	0.1877	0.1883	0.1764	0.139	0.139	0.139
	0.1064	0.1050	0.1029	0.032	0.032	0.032
	0.2217	0.2128	0.1937	0.151	0.153	0.150
	0.2433	0.2597	0.2089	0.138	0.137	0.141
	0.0790	0.0789	0.0785	0.017	0.017	0.017
	0.0825	0.0824	0.0820	0.019	0.019	0.019
	0.2388	0.2136	0.2228	0.221	0.223	0.216
	0.2702	0.2531	0.2130	0.260	0.260	0.262
	0.2211	0.1167	0.0932	0.139	0.148	0.154
	0.3787	0.3378	0.3377	0.251	0.244	0.245
	0.2448	0.2328	0.2028	0.144	0.144	0.147
	0.2740	0.2775	0.2539	0.136	0.136	0.136
	0.0771	0.0767	0.0765	0.022	0.022	0.022
	0.2053	0.1823	0.1863	0.024	0.024	0.024
Average	0.1785	0.1747	0.1503	0.1345	0.1337	0.1309

Restrains vs RMSD Benchmark

Setup